Благодаря современным методическим возможностям появились данные о внутриклеточной локализации специфической вирусной ДНК. В отношении РНК-содержащих онкогенных вирусов показано, что их генетическая информация может существовать как в свободном плазмидном, так и интегрированном состояниях. В работе Markham и соавторов (1973) представлены сведения о внутриклеточной локализации онкорнавирусной специфической ДНК. При этом исследовались нормальные клетки, вируспродуцирующие лейкемические миелобласты, трансформированные вирусом птичьего миелобластоза, и непродуцирующие вирус клетки. Используя метод гибридизации, авторы показали наличие в ядре вирусоспецифических нуклеотидных последовательностей в ДНК, а также установили, что вирусная ДНК является двунитчатой молекулой, ковалентно связанной с высокомолекулярной клеточной ДНК, преципитирующей и седементирующей вместе с ней.
На основании этой и других работ можно считать, что интеграция провирусной ДНК с клеточной осуществляется благодаря ковалентным связям и обусловливает персистирование вирусного генома в системе онкорнавирус - клетка.
Большие возможности в определении локализации вирусоспецифической ДНК открывает метод гибридизации in situ в цитологических препаратах. Этот прием использован для выявления и установления локализации вирусоспецифических ДНК последовательностей в ранние сроки инфицирования клеток линии ЗТЗ - РНК-содержащими лейкозосаркоматозными вирусами мышей. Гибридизацию осуществляли с Н3-ДНК продуктом вирусной РНК-направляемой ДНК полимеразы и установили, что вирусоспецифическая ДНК синтезируется вскоре после инфицирования и через 5 ч становится ассоциированной с хромоцентрами интерфазного ядра и с центромерными гетерохроматиновыми областями метафазных хромосом. Ядра неинфицированных клеток при авторадиографии содержали в среднем 4 гранулы метки, инфицированных - до 30 гранул через 5 ч после заражения и до 65 - через 11-25 ч. Эти данные свидетельствуют о том, что под влиянием вирусной обратной транскриптазы очень скоро после заражения клеток синтезируется вирусоспецифическая ДНК, которая быстро интегрируется в определенные участки ядра.